1、 擬定水利作业的方針方针、發展戰略和中長期規劃，組織起草有關法律法規並監督實施。

  2、 統一办理水資源（含空中水、地表水、地下水）。組織擬定全國和跨省（自治區、直轄市）水長期供求計劃、水量分配计划並監督實施；組織有關國民經濟總體規劃、城市規劃及严重建設項意图水資源和防洪的論證作业；組織實施取水許可准则和水資源費徵收准则；發佈國家水資源公報；指導全國水文作业。

  3、 擬定節約用水方针、編制節約用水規劃，拟定有關標準，組織、指導和監督節約用水作业。

  4、 依照國家資源與環境保護的有關法律法規和標準，擬定水資源保護規劃；組織水功用區的劃分和向飲水區等水域排污的操控；監測江河湖庫的水量、水質，審定水域納污才能；提出约束排污總量的意見。

  5、 組織、指導水政監察和水行政執法；協調並裁定部門間和省（自治區、直轄市）間的水事糾紛。

  6、 擬定水利行業的經濟調節办法；對水利資金的运用進行宏觀調節；指導水利行業的供水、水電及多种經營作业；研讨提出有關水利的價格、稅收、信貸、財務等經濟調節意見。

  7、 編制、審查大中型水利基建項目建議書和可行性報告；組織严重水利科學研讨和技術推廣；組織擬定水利行業技術品質標準和水利工程的規程、規範並監督實施。

  8、 組織、指導水利設施、水域及其岸線的办理與保護；組織指導大江、大河、大湖及河口、海岸灘塗的办理和開發；辦理國際河流的涉外事務；組織建設和办理具有操控性的或跨省（自治區、直轄市）的重要水利工程；組織、指導水庫、水電站大壩的安全監管。

  9、 指導農村水利作业；組織協調農田水利根本建設、農村水電電氣化和鄉鎮供水作业。

  10、 組織全國水土保持作业。研讨拟定水土保持的工程办法規劃，組織水土流失的監測和綜合防治。

  12、 承擔國家防汛抗旱總指揮部的日常作业，組織、協調、監督、指導全國防洪作业，對大江大河和重要水利工程實施防汛抗旱調度。